传染病虫害：粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响；未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，也导致植物病虫害的发生。
    二、烧根烧苗：没有发酵的生粪施到地里后，当发酵条件具备时，生粪便开始发酵，发酵产生高温，容易烧根烧苗。粪便中还含有大量的尿酸，未经腐熟转化，直接接触种苗，也会抑制种苗生长。
    三、土壤缺氧：有机质在分解过程中，微生物大量活动消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
    四、环境污染：粪便在发酵时会产生臭味，招来蝇蛆，危害作物生长，臭味还能污染环境。
    五、土壤缺氮：没有腐熟的粪便在土壤中发酵，争夺土壤原有的氮素养分，造成土壤微环境内瞬时缺氮，影响种苗生长。
    六、肥效缓慢：未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
    因此一定要施用充分腐熟的有机肥料，才能保证作物生长发育良好。